第一節、甲午戰爭與馬關和議
十六世紀末，日本豐臣秀吉曾出兵朝鮮，明軍援朝，中日大戰，日軍久戰不勝而退兵。朝鮮戰爭的同時，日人也曾窺伺台灣，日本的大陸政策和南進政策形成。1631年下令鎖國之後，暫時停止對外擴張政策。明治維新之後，重新展現對外侵略的野心，鄰近日本的朝鮮又成為首當其衝的目標，光緒二十年（1894）朝鮮東學黨作亂，中國依朝鮮國王之請，派兵協助，日本卻以保護使館日僑為名，大舉出兵，悍然占領漢城，攻擊我方海陸軍隊，於是中日宣戰。因為歲次甲午，便稱為甲午戰爭。
雙方交戰之後，北洋艦隊大敗，和議之聲四起，光緒二十一年（1895）李鴻章受命赴日處理和議問題，與伊藤博文會面於馬關。日人除了索取賠款，要求開港、最惠國待遇及朝鮮自主外，更企圖割讓遼東半島、台灣、澎湖（遼東半島後來在各國干涉下，由中國付款贖回），賠款等還算事小，割地之舉可不得了，但由於日方態度強硬，同時佔領澎湖，作為脅迫的籌碼，李鴻章無可奈何，只好報請清廷接受。
中國方面接到消息後，朝野極力反對，當時正在北京參加會試的各省舉人，聽到這樣屈辱的條件，群情激憤，於是以康有為、梁啟超為首，聯合了千餘人上書中央，要求政府拒絕接受，次年又再上書，力陳變法不可再緩，這就是著名的「公車上書」。有人以李鴻章在和議時曾說「台灣鳥不語花不香」以及「台灣人吸食鴉片」等語而詬病李鴻章輕易割台，顯然不是知人之言。李氏當國數十年，支持沈葆楨、劉銘傳等在台灣推行洋務運動，知台之深，恐無人能出其右。這些話只是不願割台的推諉之詞，何況朝野反對割台，也形成極大壓力，以這幾句話詬病李鴻章，難免有因言廢人、扭曲事實之譏。無論如何，割台之局已成，無法挽回。在悲憤之中，台灣方面只有積極預備武力，為自己的末來，與日軍一搏。
第二節、台灣民主國的形成與奮戰
割台之議傳到台灣，一時之間輿論沸騰，台灣忽爾便要改朝換代，任誰也不能置信，悲痛、憤慨皆不足以形容當時人心於萬一，台灣官紳為求保住台灣，四處奔走，想盡各種辦法，甚至有質押或買與英、德、美之議，各國凜於日中和議都不願承受，最後，為爭取國際同情，宣布成立「台灣民主國」（5.25），以獨立國之名，與日本繼續作戰，雖然前後只維持了五個月，卻成為亞洲第一個民主共和國。台灣民主國成立之後，大家推當時的台灣巡撫唐景崧為總統，呈上「藍地黃虎旗」為國旗，國號為「永清」，表明建國是不得已的辦法，台灣臣民永遠心向大清，此外，並設議院、籌防局和團練局，由有力人士主持，積極準備軍務。
▲台灣民主國等借軍餉所發行的股票《尹章義蒐藏》
在此同時，日人預備接收台灣的軍隊船艦，由能久親王（明治天皇的弟弟北白川中將）率領，來到了台灣外海，由於辦理交接的清朝代表李經方不敢上岸，便在海上與台灣首任總督樺山資紀辦理割讓手續。日軍到了淡水港附近，遭到守軍強烈的抵抗，日人見淡水港不易攻下，便改由三貂角附近的澳底登陸，守軍不戰而潰，日軍遂輕易拿下瑞芳、基隆，唐景崧、丘逢甲等人見情勢危急，紛紛倉皇內渡。領導中心一失，台北城內便陷入了混亂，燒殺劫掠不斷，於是台北紳商以李春生為首，起用了一位年輕雜貨商，前去日軍陣營，要求日軍平亂並引領日軍進佔台北城。日軍拿下台北城後，於6月17日在巡撫衙署舉行總督府始政儀式，宣布開始統治，這個日子被日人設為 「台灣始政紀念日」。
當台北的變故傳到台南時，地方士紳便推舉劉永福繼任大總統，因為當時台灣三大防區首腦－北區唐景崧、中區林朝棟均已內渡，只剩南區的劉永福，但劉永幅不肯，仍以軍務總辦之名繼續領導抗日。這時，在台北的日人繼續往南推進，日軍在桃園、新竹、苗栗皆遭到義軍紛起抵抗，戰鬥相當慘烈，六、七月間，義軍一再與日軍接戰，一度反攻新竹，殲滅日本騎兵於大湖口，劉永福也派吳彭年率黑旗軍北援，在新竹、苗栗一帶相持一個多月，八月初，日軍大舉進犯，並且增兵中南部枋寮、西部布袋嘴登陸，分三路向台南前進。
▲佔據基隆後日人耀武揚威《尹章義蒐藏》
日軍八月中旬攻下苗栗，下旬在彰化八卦山與抗日軍發生激烈戰鬥，十月初嘉義淪陷，在這期間，義軍死傷慘重，劉永福手下大將吳彭年、吳湯興、徐驥等陸續死難，其中，日人曾一度透過英國領事勸降劉永福，遭到劉永福嚴詞拒絕。但是由於日軍採三路夾攻的方式，劉永福駐守的台南腹背受敵，在孤立無援的情況下，經過士紳的勸說，劉永福潛至安平港，內渡廈門，傳說劉永福喬裝成婦人，才躲過日軍的追捕。11月18日，台灣總督樺山資紀向日本中央報告：全島平定。
▲南澳鎮總兵幫辦台灣防務之劉永福《尹章義蒐藏》
台灣人民投入了一場沒有勝算的戰爭，但是日本十天之內攻下台北後，卻需近五個月的時間才能打到台南，深究之，實在於各地人民浴血作戰的精神，所以致之。日軍對於「有敵意或妨礙者」即實施「無差別殲滅」（不分軍民、男女老幼）和「三光掃蕩」（殺光、搶光、燒光）。由於吳湯興、姜紹祖、徐驥、胡嘉猷等率眾抵禦，六月十九日大湖口街兩百多家店舖「瞬息之間俱成焦土」（今湖口老街卻是昭和初年所建的「新」湖口街）；由於蘇力、陳小埤等頑抗，七月十四～廿四日間，日軍在海山口（新莊）三峽間，燒燬房屋千餘戶。稍後同一地區又掃蕩兩次，其燬屋三千，殺人四千五百「屋倒牆頹、腐屍遍野」，六萬多人流離失所。彰化八卦山之役吳彭年等力戰而亡，城破，日軍「縱橫屠斬」，「死屍填塞街衢、血流漂楯」；雲林知縣李品三堅守不退，徐驥、簡義、林義成堅挺，日軍大肆奸淫虐殺；南路日軍自枋寮登陸，進攻茄苳腳（屏東佳冬），蕭光明、黃蘭妹等力抗，結果是「野無遺子」，鳳山城攻破後，大肆殺戮，城中也幾無活口。
前數的例子不勝枚舉，僅就北、中、南三區各舉數例，可見日軍殺戮之慘。
日本據台四十年，調查官井出季和大根據總督府檔案寫成《台灣治續志》，在第一任總督樺山資紀的靖台事略中謂：自光緒廿一年五月廿六日自十二月十五日，日軍陣亡164人，傷515人，病亡4,642人，在台病患5，246人，後送日本就醫者21,748人；中國軍隊陣亡為七萬八十人。從塵戰五月、戰況激烈、再三增兵、增軍費，日本國內譴責之聲四起，日軍侵台指揮官能久親王死後密不發喪（死於何時、何地、死因為何至今成謎，台灣北起新竹、南迄佳里，都有殺死地的傳說）等事跡觀察，所述日方之陣亡、受傷人數，可能有匿報或轉嫁為病亡、病患之嫌。而中國方面之人數只報陣亡者，各地掃蕩、屠殺人民之數亦未一一上報，實情恐怕也難以數計，僅就已知的數字加總，台灣受害人口當在十萬以上。
第三節、抗日運動的幾個階段及其主要事蹟
台灣民主國的瓦解並沒有使台灣的抗日運動因而停息，基於民族情感與反抗殖民的心理，台灣人民的抗日運動屢仆屢起，持續不絕。隨著以後的歷史演變，抗日運動的面貌也不斷改變，依照抗日運動的內容及本質，可將之分為三期：
▲搜索民房的日軍《尹章義蒐藏》
第一期是反帝反侵略時期：包括上述台灣民主國的抗日，從1895年割台之役起到1902年（明治三十五年，光緒二十八年）林少貓殉難止，本期抗日義軍的活動主要花反對日本人的佔領與統治。1895年1月初，當樺山資紀宣告全台平定之際，其實台灣的武力抗日仍持續上演，日本雖已佔領台灣的大都市，但對鄉間和山區控制力較弱，許多義軍紛紛轉到地下，各地武裝抗日行動層出不窮，使日人疲於奔命，在為求殲滅而不擇手段的心理下，甚至出現殘忍的焦土政策。
1895年底，各路義軍趁日軍圍攻台南而台北空虛之際，宜蘭（李本成)）、金包里（今金山、簡大獅）、錫口（今松山、詹振）、文山（陳秋菊）、石碇（盧振春）、柑園（陳小埤）等各路義軍，密議於十二月卅一夜十時，舉火觀音山（是謂觀音山火號事件）同時發動，圍攻台北城，過日軍增援部隊登陸而其敗。日軍全部出動，掃蕩台北、宜蘭沿山一帶，夷燒屠殺半月之久，沿山村落，盡成焦土。
1896年（明治二十九年，光緒二十二年）6月，日軍雲林守備隊長中村中尉率兵三十，偵察鐵國山（義軍柯鐵據大坪頂抗日、日軍屢玫不下，故有此稱）為義軍所殲，日軍乃焚近山一帶村莊五十六處、共民居四千五百四十七戶，稍後又掃蕩數次，殺害無辜人民不計其數。隨軍文職人員今村平藏在其《蠻煙瘴雨日記》中，對此腥風血雨、慘不忍睹之殺戮，亦有罪孽深重之感慨。日軍在雲林濫殺無辜之事跡，經傳教士投書香港報紙，引起世界各國的譴責。
▲「觀音山火號事件」日軍在台北城上備禦義軍《尹章義蒐藏》
前述的反抗與濫殺事件遍及全島，屠殺人民也難以數計。乃木希典遂採行「三段警備制」的辦法，將全島分成三段，山區、抗日義軍盤踞的地方由軍隊、憲兵駐守，平地、市街由警察維持治安，兩者之間的地區則由憲兵協同警察處理，但是效果不彰，往往軍隊趕到時，抗日義軍已逃開。到了第四任總督兒玉源太郎與民政長官後藤新平時（1898），一面頒布「匪徒刑罰令」進行嚴罰及掃蕩，一面則制定「土匪招降策」誘降抗日分子，然後再在「歸順」儀式中，集體屠殺，後藤新平在《日本植民地政策一斑》一書中，自承誘殺抗日份子達一萬六千人。
▲林少貓《尹章義蒐藏》
在這段時期中，簡大獅、柯鐵和林少貓等著名的抗日人物並稱為「三猛」，其中又以林少貓的事蹟最引人注目。林少貓是屏東人，家中經營輾米廠。乙末割台之役，他號召數百子弟投入劉永福的黑旗軍摩下，履次痛創日軍，日人攻陷台南後，少貓退守高屏，並成為南台灣福佬、客家和原住民等各路義軍的盟主。林少貓在高屏一帶有多處基地，都相當隱密，他很能體恤百姓，人們也都為他掩護行蹤，他經常率領義軍攻擊日本憲兵隊、軍營、警署和地方政府，日人都始終無法掌握少貓的背景資料，直到日人治台後的第三年，少貓襲擊鳳山憲兵隊，日人在林少貓遺失的行囊中發現了一方關防和兩顆印，經過深入調查，才知道林少貓就是屏東金長美輾米廠廠東林義成。
至兒玉總督和後藤長官時代，日本人實行誘降策略，許多義軍抗日既久，形勢更為不利，不得不棄械歸順，只有林少貓不為所動，日人懸賞鉅款差人暗殺林少貓亦不成，於是恩威並用，請高屏紳商出面斡旋，少貓便提出若干苛刻的條件為難日人，如劃後壁林（今高雄林園、小港一帶）；一地為義軍自治區，官吏不得擅人，外出時可攜武器，族黨繫獄者免罪釋回等，日人皆一一答應，並在「歸順式」時將準許書交林少貓，這對日人來說，可謂一大恥辱，許多日人認為這那裡是「土匪歸降」，根本是「台灣總督府遞降書向土匪投降」。林少貓在後壁林三年，開墾經營，隱然成 為國中之國，日人更如芒刺在背。1902年（明治三十五年，光緒二十八年）總督府決然下令調集大軍，在重砲猛轟及艦艇的掩護下，激戰六、七小時，終於攻破林少貓堡壘，林少貓掩護婦幼逃亡而死在城門 口。林少貓之死為此階段的抗日運動劃下一個句點。
特別值得一提的是先住民泰雅族的「大谷王事件」。光緒十二年（1886）劉銘傳招撫台北、東南山區烏來八社的總頭目大豹社的馬來詩昧，教他們耕作、為他們設立番學堂。日人佔領台灣之後，馬來詩昧和義軍合作在山區活動抗日達十二年之久，1906年（明治三十九年）10月，他們還高張「大谷王」旗號，高喊「去明（日本）復清」口號，出兵攻打台北。兵敗後，日人設置重重電網、地雷，並以大砲轟擊先住民部落，馬來詩昧不得不歸順日人。日人將大豹等社分徙桃園角板山等地。光復之初，大豹社人還上書政府，歷數往事，希望能讓他們「復歸故土」，回到三峽、新店一帶。由於日本人安插許多漢人移居烏來八社的原住地，政府無法處理這個棘手的問題，就無聲無息的擱置下來。
1906年（明治三十九年，光緒三十二年）以後，局勢轉為平靜，各地游擊武裝抗日勢力大致瓦解，台灣的抗日運動遂進入了第二期。第二期是反帝反殖民時期，時間從1907年（明治四十年，光緒三十三年）到1915'年（大正四年，民國四年），此時日本人在台灣的政權已相當穩定，日本資本家企業入侵，台灣人遭到壓迫和榨取，因此本期的抗日目標在反對日人的剝削與高壓，而其行動方式則多藉宗教與幫會進行秘密抗日運動，在這時期中，本文僅舉北埔事件的蔡清琳和西來庵事件的余清芳兩例略加敘述。
▲1930年代最重要也是最活躍的抗日團體－文化協會的環島演說活動《尹章義蒐藏》
西來庵事件發生於1915年（大正四年），這次事件的主角除了余清芳外，還有羅俊、江定等人。余清芳在割台之役，曾參與抗日義軍，後來在台南廳任職巡查補，辭職以後，便出入台南廳下各地齋堂，勸教信徒抗日，後來便以西來庵為基地，暗地推動抗日行動，信徒傳說他是具有神力的皇帝，或皇帝的中介者，尊稱為「余先生」；而羅俊（原名賴秀）為斗南人，亦曾參與割台之役，事敗後內渡，又潛返台灣，年已屆花甲，仍未嘗忘懷抗日之志，在台中、彰化一帶以法力號召，宣稱習得符法便能避槍彈，並教台人隱身術至於江定，割台之後退入山中，日警曾前往圍剿，誤以為江定已遭擊斃，江定脫逃後，聚眾深居山中十餘年，自成一國。
▲礁吧事件大審前在台南刑務所(監獄)整隊出發《尹章義蒐藏》
1915年初，羅俊會見余清芳，兩人合議秋天起義，江定也與余清芳約定起事時下山殺敵，可惜尚在連絡階段，就被日本警方發現，羅俊變裝逃逸，余清芳逃人山中與江定會合，沒多久，羅俊被捕，8月3日，余清芳等率眾襲擊派出所，事成之後與日警及日軍展開殊死戰，激戰三天三夜，余軍終告不敵，轉退山區，此時死亡人數達三百餘，被捕者不計其數，日人基於報復心理，甚至設計屠殺當地壯丁，日人殺戮的地區主要在礁吧（今台南玉井）一帶，又稱「礁吧事件」。8月22日，余清芳誤人警方的陷阱，江定也在日警誘降下，出面自首，但當局違背不予處分的承諾，將一干人等送法院受審。法院引用「匪徒刑罰令」宣判死刑達八百多名，此一判決引起日本輿論及國會的嚴厲批評，在強大壓力下，總督府藉大赦進行減刑，但當時已有近百人死刑執行完畢，余清芳等人亦受絞刑。
但此同時，台灣的抗日運動亦漸產生轉折，其中日人板垣退助所組的「同化會」和梁啟超對於台灣民族運動非武裝化的建議，皆使台灣紳商階級對於抗日運動的態度有了轉變。1915'年西來庵事件平息之後，抗日運動遂邁向第三期，反殖民爭民權爭自主權的民族運動期。此時日人統治台灣已久，台灣人的抗日運動也完全脫去武裝抵抗的色彩，再加上正值第一次世界大戰結束，世界各弱小民族都產生民族覺醒運動，如朝鮮的三一運動。於是，新興知識份子在民族情感的支持下，以爭取台灣的民主、自治，進而爭取自決、自主為目標，繼續和日本對抗。
▲抗日的左翼團體－工友聯盟《尹章義蒐藏》
1915年以後，要求撤廢六三法的運動、台灣議會設置請願運動、地方自治改革運動等皆為重要的行動，主要人物則為林獻堂、蔣渭水、蔡培火等名人，主要的團體則有新民會、台灣文化協會、台灣民眾黨、台灣地方自治同盟、台灣工友聯盟等。他們認為台灣並不應受到次等殖民地的待遇，台灣人應該有自己的權利，因此從推動撤廢不平等的六三法案開始，更進一步希望台灣能有自己的議會，可以主宰台灣事務，並且要求地方自治，人民有參政權，地方有自主權等。這些運動對於當局造成了相當的壓力，總督府為打壓這些知識份子的行動，甚至以違反治安法為由，發動全島性的大檢肅，傳訊、起訴多人，此即為「治警事件」（1924），不過，當局的橫暴並未達到效果，反而激起台灣人民更多的關注。雖然1930年代以後，「九一八事變」、「七七事變」相繼爆發，台灣被捲入戰爭體制中，日本人採取全面鎮壓政策，參與社會運動或政治運動的人，若不是逮捕下獄，就是嚴密監控，政治運動、社會運動因而中斷。但這些民主、自決的思想卻開始傳佈，開啟了台灣人民的思想。
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