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後藤在擔任台灣民政長官任內，進行土地調查，戶口普查，風俗習慣調查，推展生物學的殖民政策，促進科學發展與農、工、衛生、教育、交通、警察等，並招撫抗日份子，攏絡台灣仕紳，奠定日本在台灣往後的統治基礎。

後藤新平對台灣的建設，可以說開始於醫療、衛生的改善。1895年，他受聘擔任台灣總督府衛生顧問時，就著手規劃關於鴉片、衛生、自來水、下水道等建設。

接任民政長官之後，後藤秉持「生物學原則」，開始大規模地進行的調查與建設。後藤新平自己就曾說：「殖民地行政計畫，在目前科學進步之下，必須根據生物學的原則。也就是要發展農業、工業、衛生、教育、交通、警察。如果以上各項能夠完成，我們就可以在生存競爭中獲得保全及勝利。」

在台灣舊慣、土地，與戶口的調查方面：舊慣調查，為台灣的文化、風俗、民情、律法留下重要的紀錄；而土地及戶口調查的全面與精確，不但成為日本殖民統治與建設的重要基礎，其影響甚至延續到戰後國民政府在台灣的施政。

在產業上，後藤新平選定了在台灣原本就有基礎的糖業，引進新式製糖技術、經營模式，以及大量資本，促使台灣糖業蓬勃發展。並大力推動鐵路、海港、公路等交通建設。今天的縱貫鐵路，絕大部分就是在他的任內所完成的。在台灣林業史上曾經扮演重要角色的阿里山森林鐵路，亦是後藤新平主導興建的。

但做為一位殖民政府的決策者，後藤新平在台灣所推動的政務與建設，其出發點自然不可能是為殖民地人民謀福利；相反地，殖民色彩相當濃厚。譬如：他所推動的各項交通建設，主要目的可以說是為了建立商品運輸網路，甚或說商業利益剝削網路；阿里山森林鐵路的開闢，其實是著眼於豐饒的森林資源；而大量的日本母國資本投入台灣糖業，則是使得台灣本土的糖商與蔗農遭受不平等的對待。

後藤新平對當時台灣人民的管理也是利用「生物學」作為統治原則。