從1760年代開始俄國漁船比起以前更加頻繁地去千島群島。不久後,得撫島(俄國稱烏魯朴島)和擇捉島(俄國稱伊土魯樸島)上的居民──蝦夷族,都加入了俄國國籍。1770年代鄂霍次克港口行政當局指示商人舍巴林,勸說千島群島南部居民加入俄國國籍;並且同他們做生意。俄國航海家和實業家就這樣佔領了千島群島,繪製了這些島嶼的地圖,在那裡建立了自己的過冬地點和落腳處,誘使蝦夷族加入俄國國籍。蝦夷族向俄國人學會了使用火器、繁殖牲畜及種植某些蔬菜。很多蝦夷人接受了洗禮,甚至學習了俄國的文化。乾隆四十四年(1779年),根據葉卡捷琳娜二世的詔令,千島群島上凡是未經過聖彼得堡許可的實物稅及其他一切苛捐雜稅一律廢除。
18世紀起,日本也在此進行開發,直到1855年,兩國簽署日俄和親通好條約,瓜分了千島群島,約定千島群島南部得撫島以南稱為南千島群島歸日本所有,日本在南千島群島設置行政區劃。在日俄戰爭後根據停戰條約,日本領有這一地區。
在1945年2月雅爾達會議當中,美英承諾蘇聯在戰後得以取得南庫頁島以及千島群島全部主權,並且簽訂雅爾達協定。在日本投降後,蘇聯即依據雅爾達協定宣佈擁有該地主權。
1945年7月17日,美英蘇三國最高領導人在德國波茨坦會晤,會議期間發表對日最後通牒式公告。由美國起草,英國同意,以美英中三國名義發布。當時蘇聯受《蘇日中立條約》約束,蘇聯於8月8日對日宣戰後加入《波茨坦公告》。《公告》第八條為「開羅宣言之條件必將實施,而日本之主權必將限於本州,北海道,九州,四國及吾人所決定其他小島之內。」 即從法理上明定了戰後日本領土範圍由反法西斯同盟國「決定」
1945年8月,第二次世界大戰結束,日本投降解除武裝。根據二戰結束後對日本領土的安排,蘇聯佔領南千島群島。
在1951年簽訂的舊金山和約第二章「領土」中,約定日本放棄對千島群島和庫頁島自1905年樸茨茅斯和約後取得領土之所有權利與請求權。
條文中沒有約定千島群島的範圍,在簽約當時,日本國會所通過的放棄範圍包括國後島和擇捉島,然而蘇聯當時沒有簽署這份和約。
直到1956年,蘇聯和日本兩國簽署蘇日共同宣言,由於當時兩國對北方四島的主權問題無法達成共識,日本國會在1956年2月取消了放棄國後島和擇捉島的決議,不放棄北方四島的主權;雖然蘇聯原本同意歸還齒舞群島和色丹島,卻無法對國後島和擇捉島的部分取得共識,因此最後簽約時,沒有對領土爭議達成任何協定,宣言中沒有任何相關內容。
南千島群島一直被歷代蘇聯和俄羅斯領導人視為「四艘不沉的航空母艦」,史達林曾經表示:「它們是無數蘇聯軍人用鮮血換來的戰利品,誰也無權把它們奪走。」
此後,2004年俄羅斯決定放棄較小的齒舞和色丹島(占爭議地區領土面積的6%),但是被日本拒絕。
2006年8月16日,俄國巡邏艇向接近爭議地區的日本漁船鳴槍示警,擊中一個漁民的頭部致死,成為了此爭議地區的第一個犧牲者,日本輿論群情激奮。
2009年7月3日,日本參議院三日一致通過《促進北方領土問題解決特別法》(北特法)修正案,明確記載「北方領土為我國固有領土」。這是日本首度在法案中將北方領土明定為日本「固有領土」,明確賦予日本擁有北方四島主權的法源依據。
2010年11月1日,俄羅斯總統梅德韋傑夫於當天上午登上南千島群島的國後島。這是自蘇聯時代以來,俄羅斯國家元首首次視察南千島群島。11月2日,俄羅斯外交部長謝爾蓋‧拉夫羅夫於奧斯陸記者會上表示,俄羅斯總統梅德韋傑夫還打算前往千島群島的其它島嶼。