巴克禮牧師於一八四九年十一月21日生於蘇格蘭格拉斯哥，父親經營布商，為教會的長老。家有四兄一妹，孩子自小皆受良好的學校教育。
巴克禮牧師自幼聰慧，從小學至大學成績優越，均明列前茅。一八六四年入格拉斯哥(Glasgow)大學，精於理數。巴牧師對於電氣知識頗豐富、熟悉，為當代罕見之人才，他的芳名刊登於大英百科全書(Encyclopedia Britannica)之上，成為受崇敬的偉人之一。
太平境教會於一八六五年六月16日設立，同年十一月21日巴克禮牧師十六歲生日(大學二年級電機系)之時，曾寫「獻身契」(註一)，自此每年生日之際必在「獻身契」上簽名，以示奉獻之志。一八九三年巴克禮牧師結婚，每逢巴牧師的生日，皆同夫人(Elisabeth A. Barclay)在「獻身契」上簽名。巴克禮牧師生前與夫人在「獻身契」上簽名的事情，沒有人知道，直到一九三五年巴克禮牧師逝世後才被人發現。
巴克禮牧師於一八七四年九月19日由英國的Liver Pool出發，費了三個月，於十二月18日抵達廈門學習閩南語，一八七五年六月5日在打狗(高雄)上陸。暫居旗後，後來遷居台南。此時正是本教會(太平境教會)遷到旗後，再回來府城二老口、亭仔腳，經過十年之時，自此經歷人生八十七載的歲月裡，有六十年的時間奉獻給台灣，巴克禮牧師與太平境教會有著不可切分的關係，他對太平境教會的愛不是表面上的愛，而是盡心、盡性、盡力、盡意之愛，因此巴克禮牧師堪稱為「台灣使徒」。
抱著滿腔熱血到台灣為主獻身的巴克禮牧師，初到台灣即受到瘧疾(Malaria)的侵襲，這是台灣一種嚴重的熱帶流行病。(李庥牧師也是感染瘧疾而病死台灣)巴牧師一到台灣就被這種熱帶疾病折磨，幸好得到旗後醫館的萬醫生醫治得以痊癒。
為了使教會往下紮根，並建全發展，因此迫切需要培育本地籍的傳教人才。當初馬雅各醫生於一八六九年七月在二老口醫館創設「信徒造就班」，得吳桑江協助，提升為「傳道者速成班」(Communicants’ Class)。
一直到一八七五年，新樓建成後甘牧師將它接過來，改為「傳教師養成班」(Students’ Class) 有由廈門美國歸正教會來的盧良教師來指導，有七名學生在甘牧師館樓下上課。
一八七六年十二月，因南部教會的宣教師決定要放棄打狗宣教區，以台灣府(台南)為英國長老教會唯一的宣道區，巴克禮牧師就由打狗(旗後)遷來台灣府。這兩地的「傳教師養成班」，也在一年後正式合併起來。
當時因德醫師退休歸英，醫館闐寂，上課地點就再回到舊樓醫館中院的咱教會禮拜堂為教室，巴牧師在裡面掛起地圖、黑板及時鐘，看起來倒滿像樣子，而中院其餘的房間是學生宿舍。一八八七年底才正式將旗後的六名學生遷來和甘牧師館樓下的七名合併於舊樓(二老口)禮拜堂的正廳授課。這就是台南神學院之創設；巴牧師命名為「大學」(Toa-oh)“Capital College”起先未設校長，不久「大學」自然以巴牧師為中心，就由他任校長，時達五十二年之久，直到因翻譯舊約聖經才交給滿雄才牧師。
無論一八六九年七月馬醫生時代的「傳道者速成班」，或者一八七七年底，將旗後的養成班遷來合併創設也好，台南神學院是在太平境教會創設的這個事實卻很少人知道，這件事對太平境教會有極大的幫助，而太平境教會與台南神學院的關係亦非比尋常。
一八七八年六月八日，英國長老教會的「台南教士會」議決在新樓醫院東北角建神學院。建校的工程費是2,652圓，太平境教會負擔463圓，英國母會出資三百英磅(2230圓)。一八八0年二月23日神學院才正式自太平境教會遷移新址上課
白話字的推行是對臺灣教會前途影響頗大的一件事，而巴克禮牧師是最為熱心推動白話字的人。當時姊妹中幾乎沒有人能讀漢文，弟兄中能讀後了解漢文也不過是十分之一。所以若要使信徒們自己閱讀聖經、靈修及查經，唯一的辦法是推行白話字。
巴牧師來到臺灣不久，就看出這關鍵。他的信念是一個健全本地化的教會，是需要教會中的男女老幼都能用他們自己日常所說的話語來唸聖經，而白話字是達到這個目地最簡便的工具。因白話字，只有幾個月的工夫即可學會。而漢文需費幾年的時間。宣教士們並不是反對人學漢文，而是鑑於教會內一般迫切的需要，才推行此事。一八八0年，教會正式決定，教會中各級學校教白話字，要求傳教士都要學習。他們特別在長執與傳教士的聯席會議上強調此事。
巴牧師以為荷蘭在臺宣教失敗的原因，是沒有把聖經譯成本地語言，以致沒有人能看懂聖經。最可惜的是，當他們已經在荷蘭印好本地方言的福音書時，荷蘭政權已經被逐出臺灣了，他們離開臺灣，基督教也隨之而去。
巴牧師堅持，聖經不能憑講道者隨便改寫，信徒們必需自己明白聖經。所以他在晚年，對臺灣最大的貢獻是改譯新舊約白話字聖經，這一個貢獻在臺灣教會歷史上，永遠是燦爛的一頁。
在推行白話字的工作上，巴牧師首先看見需要一個出版部門，來促進白話字的運動，而達到造就信徒，發展教會的目的。一八八0年英國母會捐贈一架羅馬字的印刷機，由安平運抵臺南。一八八一年巴牧師回國休假時，特別到格拉斯哥一印刷公司學習撿字和排版方法，以便回到臺灣後得以應用。該公司得悉後，對巴牧師之偉大精神，深表欽佩，特別為他選拔指導人員幫助他學習這些印刷的技術。
一八八四年正月，他回到臺灣時，看見印刷機件仍未裝置，立即設法裝配，於同年五月二十四日開始印刷，是為臺灣印刷業之濫觴。巴牧師名其書房為「聚珍堂」，俗稱「新樓書房」。
「聚珍堂」最初的印刷工人是大樹腳人蘇沙，他在三天三夜之間學會讀白話字。由於他聰明伶俐，巴牧師派他往汕頭學撿字一個月，以後回到書房工作。是時，由於法國侵擾中國，也攻打臺灣，宣教士們退到廈門，所以直到一八八五年七月(光緒十一年六月十二日)，在巴牧師主持下，「臺灣府城會報」第一號，才正式問世。除了臺灣本土外，還送幾份到廈門。有一次，因為稿件遲到，蘇沙和他的助手，整夜工作，使教會報在第二天得以趕上早上前往廈門的船隻。不幸的是蘇沙只工作三年，因體弱多病而去世。
這一份教會報紙可能是東南亞最早，也是持續最久的教會報刊。創刊號只有四頁，第二號就增加至八頁，以後數年均出刊八頁。這報紙大受歡迎，因為擔任教育及傳達的重要角色，對宣教工作貢獻極大。在創刊號裡，宣教士向各教會弟兄姊妹問安，說明來臺宣教的目的；提到設立中學的主旨，鼓勵信徒子女入學；報告澎湖傳道的消息以及二崙暴徒迫害事件；另外又有在臺南召開和會的消息，巴牧師將信徒所談論的，發表在教會報上。信徒都感到興趣，由於信徒們喜歡這報，因此發行額直線增加至二千份。
教會報，今已發展為週刊，稱為「臺灣教會公報」，內容相當豐富，有國內外教會消息報導，增進各地弟兄姊妹的團契，又有許多屬靈的文章，供養信徒們的靈性生活，可以說是在今日教會，擔任舉足輕重的角色。臺灣教會公報之有今日的成就，巴牧師功不可沒。
一八九五年十月20日，日軍佔領臺灣，圍攻臺南城，城中紳商因恐懼，懇求巴克禮牧師及宋忠堅牧師與日軍交涉，於是宋、巴牧師與城內十九名士紳出城陳情日方乃木將軍，獲不流血入城，巴、宋兩牧師因功受勳章，紳商及市民非常感激，感謝他們之恩情。
一九一三年至一九一四年，巴克禮牧師(時六十四歲)從事新約聖經的翻譯工作，於一九一六年完成初版工作，一九一九年因翻譯聖經而榮獲格拉斯哥(Glasgow)大學贈予神學博士學位。一九二一年五月2日，巴克禮牧師膺選就任英國長老會首屆總會議長的職位。他刊登在英國長老會月刊上的「總會議長就任演說全文」，被稱讚為許多年來他們所得最出色的演說之一。
一九二七年至一九三0年翻譯舊約，一九三0年十二月30日始告完成，由上海商務印書館負責印行。一九三二年一月28日因上海事變，商務印書局被炸毀，印刷工作中斷，至一九三三年八月4日始重新印刷，十二月25日接獲首版成品二十本，此時巴克禮牧師已八十四歲了。
巴牧師性情溫柔易於親近，並善於教政。當八十六歲高齡仍受托擔任太平境教會小會議長。巴克禮牧師來臺六十年，一九三五年十月5日因腦溢血不幸逝世，享年八十七歲，此時據南部教會慶祝設教七十週年慶典前十天，主接納他的靈魂。南部大會在太平境教會為巴克禮牧師舉行「大會葬」，人數甚多，堂內無立錐之地。
(註一)茲附錄巴克禮牧師在十六歲時所立的「獻身契」文如下:
永遠值得讚美的上帝啊！我謙虛順服，將我獻於你。我罪惡深重，本不配站在天上主宰、萬王之王、萬主之主面前；尤其在此立約之時，更覺得羞愧，然我信有你的恩典與計劃。你在聖子的身上顯明俯就，你的恩典使我心服接受你。我知我是有罪的，得像稅吏搥胸痛哭，求憐憫與赦免。我到你面前是藉聖子的名，是依靠他的義，求你代念子，憐憫我這不義的人。請不要再記著我罪，求接納我這背叛者。我確信一切權柄屬於你。
今天我以最嚴肅的態度，誓約順服。我將放棄一切管轄我的。我要把我及我的所有，不論心思意念、四肢百體、財物、時間或一切力量，都奉獻給你。為了使我成為有用器皿，俾能引導眾人歸向你，更能榮耀你名，我決意終身服從你，我以熱切的心情，謙卑的決意，希望永遠屬於你，而且時常能察知你首要的指示，以熱情歡愉之心來實現奉獻意志。
我將本身交託於你，隨你的旨意，從你無限的智慧安排，俾能使我成為榮耀你的用途。我不論何時都聽命於你，以無條件的順服你。不是照我的意思，只要成全你意志。我樂意忠誠的順服接受你管轄。
主啊！求你用我做為你器皿。加我在你揀選的百姓中，使我得以在聖子寶血裡洗淨罪，使我穿祂的義，在聖靈裡得以成聖。求你改變我，使我能像祂一樣，得到清潔、喜樂、安慰及所需之力量，更使我生命在父神的榮光及能力之下生活。
嚴肅的死期一到，地面上一切希望與快樂都會消失，但願我記得把所立的約排在你面前，而我的得救與盼望是確實的。主啊！求你記住，天父啊！求你可憐你將死去的兒女，把我們抱在你永遠的手中，以能力和信心放在將離的靈魂，也接納我的靈魂，到那睡在主裡的人的地方，以平安快樂等候你對百姓應允的成就，在你面前同享榮光與喜悅。
在我離世後，凡是活著的朋友，發現這與你所立的約時，也能把這約當作自己的約；願你的恩典允許他有份於藉我們的大中保與你立約的福份。願讚美，榮耀永歸於聖父、聖子與聖靈。阿門。一八六五年十一月二十一日，巴克禮，十六歲立書。
馬雅各醫生簡介
太平境馬雅各紀念教會創設者－馬雅各醫生（Dr. James L. Maxwell ,M.A,M.D.1836-1921）他是蘇格蘭人，主後一八三六年三月8日出生。他是愛丁堡大學（Edinburgh University）優等畢業生，在學中他不僅完成了醫學課程，也屢修理則學、倫理學、數學及自然哲學（物理學）均獲榮譽。他也在柏林及巴黎的醫學院深造。在伯明漢總醫院（General Hospital,Birmingham）任住院醫師。也曾任百老匯街教會長老（Broad Street Church）。因他的愛心事奉而得眾會友敬愛。
一八六三年英國長老教會大會，聽其海外宣教會主席哈密爾敦的報告云：「在伯明漢總醫院服務的馬雅各醫生，業己接受擔任派往中國宣教師之一員」。一八六三年八月，馬雅各醫生隨杜嘉德牧師自英搭「波羅乃西號」（Polonaise）出發，繞過喜望峰，過印度洋，於十二月４日到達上海，參觀教會與醫院，見教會前輩宣教師之後，於一八六四年一月２日抵達廈門。在廈門時馬雅各醫生積極學習語言，同時參觀醫療傳道的工作。
一八六四年十月５日為了考察將來的宣教區，杜嘉德牧師、馬雅各醫生，由僕人吳文水及兩位廈門信徒陪同，搭德輪三桅帆船Chusan號抵打狗（高雄港）。就在其附近觀察一週，當然也看見一八五九年捲土重來的天主教在前金建堂的艱苦。步行到府域（台南府），在城裡住一週之後便回打狗，也到了埤頭（鳳山）住了一天。卅日返抵廈門。再經過半年多的籌備，於一八六五年五月，馬雅各醫生正式前往南府城了。
一八六五年（清同治四年）五月２８日（禮拜日），30歲的馬雅各醫生和三位助手老僕吳文水（看守教會與醫館），漳州傳道陳子路、配藥師黃嘉智，由杜嘉德牧師陪伴下，自廈門搭輪船“META”號馳打狗（高雄港），從旗後上岸。六月１６日馬醫生在台南府城西門外看西街租屋，前面為拜禮堂，後面做為醫館開始醫療傳道，這也是英國長老教會在台灣設教的紀念日。
馬雅各醫生行醫不久，就受到當地百姓的反對，造謠說馬醫生是取人心肝、挖人眼睛去做藥，因此全城搖動。七月９日城民欲前往拆屋，老僕吳文水見勢不妙前往城中見縣令訴狀，於是縣令立刻親臨，諭旨安民，請馬醫生遷居，否則會引起更大的擾動。在不得已的情況下，馬醫生行醫傳道不及２４日便遷移到有英國領事保護的旗後，租三間房間做醫院與禮拜堂。繼續醫療與傳道的事工。
一八六八年三月中旬，馬醫生經由廈門及汕頭前往香港和他的未婚妻結婚。五月２日馬醫生夫婦自香港返回台灣。一八六八年十二月，馬醫生與吳文水重返台南府，典借了二老口街許厝的公館（現今啟聰學校博愛堂附近），部份充為住宅，餘為診所及病房。又在亭仔腳街租一棟房屋為福音及培育信徒之用。
一八七０年是馬雅各醫生任期最後的一年，雖然回到台南府城只有一年，但他所播福音的種子己廣佈南台灣。有許多患者得到馬雅各醫生醫治後到處宣揚，於是遠近馳名，求醫者越來越多，並將在醫館所聽到的福音，帶回鄉里傳揚，也就成為日後設立教會的種子。
一八七一年德馬太醫生（Dr. Dickson）來台灣接替馬雅各醫生的工作，使馬雅各醫生得以暫時休息。可是回國後的馬雅各醫生患背椎病休息十多年，於一八八四年重返台南府城住一年之久。不幸馬夫人生病，只好帶她回國，從此未再來台灣。一九一八年一月２３日馬雅各醫生失去了與他相隨五十年的馬醫生娘，安葬於Plaistow,st.Mary's墓園。
年老的馬雅各醫生喪失相依五十年的醫生娘之後越形孤單，終於在一九二一年三月６日蒙主恩召安息主懷，享壽８６歲。四天後適逢巴克禮博士回國休假，特為馬雅各醫生主持喪禮，並安葬於Plaistow,st.Mary's墓園，與馬醫生娘同穴。他育有二子，都是醫生，長子在中國大陸永春行醫，次子繼承父志來台灣在新樓醫院工作，也就是馬醫生二世（或稱年青的馬醫生）。
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