第一節、台灣的宗教發展與清末基督教的再度東來
中國的宗教信仰基本上是由自然崇拜、鬼神崇拜（含祖先及孔子）、前知信仰（卜筮、堪輿、占星、相術和巫術）和教團信仰（儒、釋、道、基督等宗教）等四部份所構成。前三者已融入一般人的生命禮儀和歲時習俗中，統稱之為常民信仰。
教團信仰一般人視之為各有義理儀俗的宗教。其中儒教由於漢武帝「罷黜百家獨尊儒術」以及隋、唐兩代科舉制度的影響，它的義理儀俗早已深入人心成為中國人價值體系的核心，同時也和官方認為適與「神道設教」的信仰對象整合成「祀典信仰」而成為官方支持與依賴的宗教；道教雖然自有義理儀俗，同時也雜揉了傳統的自然崇拜、鬼神崇拜和前知信仰；佛教是最早中土化的外來宗教，唐代儒釋調合論、宋代三教合一論形成後，儒、釋、道三教之間的差異日少，彼此襲奪日增，交集也越大。
漢移民東渡之後，固有的宗教也隨之而來。定著的廟寺成為最佳的觀察點。澎湖人最早的寺廟是媽祖宮，荷蘭人到澎湖之前使存在，這也是馬公地名的原貌。台灣最早的寺廟是今天台南縣新化鎮豐榮里的大道公廟，大道公是泉州同安白礁的名醫，人稱吳真人（或保生大帝）。台灣民間流傳媽祖與吳真人鬥法的故事。道教神祇廣泛為人供奉的還有玄天上帝、玉皇大帝、三官大帝、五顯大帝、關聖帝君、孚佑帝君（呂洞賓）等，是台灣宗教發展史的主流。
儒教隨著鄭氏延平王國東移。康熙四年（1665）鄭經採陳永華之議「建聖廟、設學校以收人才」，今天的台南孔廟便是昔時台灣儒教宗主，入清之後設一府三縣學校，吸引大陸士人東渡，對於台灣的文化發展產生莫大助益。
滄桑之際許多知識份子或逃禪、或削髮為僧以利行止，佛教也隨東傳。陳永華就在赤山莊（今台南六甲鄉）建了崇祀觀音菩薩的「龍湖巖」寺，鄭經也建了彌陀寺，清初名寺還有開元寺（又稱海會寺，臨濟宗）、法華寺（曹洞宗）、竹溪寺、黃檗寺，佛教在官方的支持下得到發展機會。清末福州鼓山湧泉寺諸弟子在台灣佈法形成基隆月眉山靈泉寺、苗栗大湖法雲寺、高雄阿蓮大崗超峰寺以及後起的台北五股凌雲寺等所謂四大法脈。1950年中華民國政府東遷，大陸高僧雲集台灣，人間淨土義學天彰，叢林制度四現，域外傳教蔚然成風又是一番氣象。
儒釋道調合的齋教也隨鄭氏東傳，張士●、李茂春皆屬巨擘，嘉慶道光之後菜堂林立，金幢、龍華、先天三派傳人遍布。
移民東渡，多半在神居地的著名寺廟中求神問卜，請香、分靈庇佑，久之遂成為同籍人的保護神或一地的角頭廟，譬如漳州人的開漳聖王，泉州人的廣澤尊王，汀川人的定光古佛、民主公，廣東潮州人的三山國王，泉州同安人的保生大帝，安溪人的清水祖師、保儀尊王，惠安人的青山王（靈安尊王），漳州平和人的敵天大帝、玄壇元帥，南靖人的關帝，詔安人的三官大帝，永春人的靈佑尊王。
不同籍貫，不同語群的人雜居於某一地，就各拜各的神。以台北為例：潮州人拜三山國王（新莊廣幅宮、土城慶安宮）；汀州人拜定光佛（淡水鄞山寺）、民主公王（三芝公王廟）；漳州人拜開漳聖王（新店太平宮、士林惠濟宮、內湖碧山岩）。艋舺泉州人信仰又再細分惠安、南安、晉江等三邑人（頂郊人）到龍山寺禮拜觀音，安溪人拜清水祖師廟，惠安人拜青山公靈安尊王，同安人（下郊人）拜保生大帝、霞海城隍，咸豐三年（1853）頂下郊拼（械鬥）之後，同安人遷居稍北之大稻埕，新建慈聖宮（媽祖）、霞海城隍廟作為信仰中心。
也有若干地區以寺廟作為整合的中心。譬如高、屏地區客家人鄉團組織「六堆」即以內埔天后宮為中心。彰化也有以南瑤宮為中心的五十四莊「聯莊」組織。平時寺廟是信仰中心，若有摩擦、衝突甚至械鬥，寺廟又成為團結的中心，無論什麼神都變成了戰神。
▲新竹縣新埔鎮的文昌官、典型的儒教寺廟《尹章義蒐藏》
「義民爺」是台灣比較特別的信仰。「義民」原來是協助政府平亂者的美稱，不分籍賈、語群，由政府頒發褒忠匾以示榮寵。「義民爺」信仰則專指對殉難者的崇拜。後來發展成客語系漢人的信仰，以枋寮義民祠為中心，由桃園、新竹一帶十三大客家庄組成聯庄。義民爺是漢民族罕見的戰神、更是罕見的本土神（漢民族的神都源於大陸）。
十五世紀以後，由於歐洲重商主義抬頭、航海技術的發展、地理知識的增加，各國政府競相擴展海外勢力以掠奪經濟利益。十六世紀初，台灣曾經是葡萄牙、荷蘭、西班牙等國角逐的目標，荷、西兩國抑且分別盤據南北兩端。各國在向外擴張的過程中，傳教士也如影隨形，甚至擔任各國軍隊的馬前卒。台灣也不例外，西班 牙人崇奉的舊教（天主教）和荷蘭人所崇奉的新教（喀爾文教派）也曾在台灣交鋒。先是荷蘭人趕走西班牙人，隨後中國的海上霸權又趕走荷蘭人重臨故土，漢文化全面入侵，基督教文明的影響遂微乎其微。
▲郭德剛神父所建的高雄玫瑰天主堂《尹章義蒐藏》
鴉片戰爭之前兩年（1838），英國人已經直航台灣以鴉片換取樟腦，進一步要求公開互市。咸豐八年（1858）英法聯軍之役，中國被迫訂定天津條約，繼鴉片戰爭開五口通商之後，再加五個條約港，「台灣」即其一，當時的台灣指今安平港，外商擴大解釋，台灣就包含打狗（台高雄）、和南、中台灣各港。羅馬教廷接到台灣開港的訊息，命令百餘年曾經在台灣與荷蘭人競爭的道明會（Domingc,O. P.）重回台灣。咸豐九年，郭德剛神父（Fernando Sainz）率眾來台傳教，由打狗上岸，次年，興建近代台灣第一座天主堂－高雄前金玫瑰堂，咸豐十一年郭神父到屏東萬巒赤山地區向平埔族傳教，建萬金天主堂－今存最古之天主教堂，接著在屏東溝子墘（竹田鄉）、老埤（內埔鄉）、鳳山五塊厝、高雄鼓山下設置教堂。同治五年（1866）在台南、同治十一年在彰化坡心羅厝，接著又陸陸續續在嘉義大林沙崙仔、雲林土庫埔姜崙、斗六、西螺、斗南以及台南永康大灣、大目降（新化）等地設堂傳教。
同治元年，郭神父指派兩名傳教士到基隆，希望重續百年前的舊業，住了一年，無功而返。光緒九年（1883），長老會牧師馬偕（George Leslis Mackay）與新教教友發生齟齬，教友到彰化羅厝邀請天主教北上傳教，光緒十二年（Coledonio Arranz）到和尚洲（台北蘆洲）和大稻埕六館街口土地廟邊設堂傳教，光緒十五年又在大稻埕新店街（今民生西路天主堂南側）設堂，並在淡水興化店、小基隆（三芝）和基隆等地設堂傳教。據教會統計，185～1895年間天主教信徒不及一千五百人。
▲密醫馬偕為台灣人拔了三萬顆牙《尹章義蒐藏》
舊教（天主教）再度來台，新教自亦不甘示弱，同治四年（1865）英國長老教會派馬雅各醫師（James Maswell）來台。馬雅各由打狗登陸轉往府城發展，無法立足，又回到高雄旗后（今旗津），設立滿得福醫院兼教堂，是為南部長老設堂之始。同治七年設新樓醫院於台南，終得邁入台南府城 ，同治十年甘為霖 （William Campbell）與加拿大長老會偕叡理（俗稱馬偕）來台。次年，馬偕到北部傳教，由於艋舺人的強烈排斥，就轉以淡水為中心，同治十二年三月在五穀坑（台北縣五股鄉）建立北台第一座教堂。馬偕不是醫師，在台灣卻以行醫聞名，尤其是拔牙聞名，曾經自述其傳教過程：「先唱一兩首讚美歌，其次是拔牙，其次是講道」，馬偕自稱拔牙二萬一千顆，他的門徒拔牙萬餘顆，直到日本人佔領台灣，才禁止馬偕無照行醫。
新教以行醫為媒介，傳教比舊教順利，培養教中人才則是另一策略。
光緒元年（1875）長老會牧師巴克禮（Thomas Barclay）來台，以興辦教育、培養教會人才為職志，次年，在台南創辦神學校，養成中國傳教士，繼而以羅馬字福佬語翻譯新舊約聖經（俗稱白話羅馬字聖經）。台北馬偕也在光緒八年創辦理學堂大書院（Oxford College）和馬偕醫館於淡水，光緒十年再辦女學院。
次年，台南又創辦長老教中學，引進新式印刷機創辦府城教會報。光緒十七年更創立盲人學校，發明點字印刷機，刊行點字聖經，推廣盲人教育。
據長老教會統計，1865～1895年間共設教堂三十二所，教友總數近萬人。
▲穿著西服和唐裝的馬偕家族《尹章義蒐藏》
洋人在台傳教固然帶來西方醫藥和西式教育的訊息，由於基督教義和中國故有宗教的扞格以及洋人傳教時恃勢凌人的態度，在傳教過程中也經常引起衝突，打劫傳教人、焚燬教堂的事端時有所聞。光緒十年（1884）中法戰火蔓延台灣，反洋反教風潮再起，台北一地就焚燬八處教堂。和議既成，劉銘傳播款銀元一萬重建各堂才平息此事。
光緒二十二年（1896）八月，侵台日軍兵臨雲林，義軍懷疑天主教神父擔任日軍南向的嚮導，乃襲擊斗六及沙崙兩處天主堂。十月，日軍園攻台南，長老會牧師巴克禮親迎日軍入城，顯示台灣人對於洋教士的疑慮並非無的放矢。洋教帶著西醫、西式教育傳來，面對台灣人的抗拒，影響有限。日人入台含有「和風」的洋教、西醫和西式教育又全面操控替代，展現出不同的風貌。
第二節、台灣的人文化成與地方志傳統的鑄成
若說唐、宋以來科舉制度與科舉社群的發展，攸關中國的人文化成應不為過。另一方面，科舉制度也充分發揮了教育人才、選拔精英進入官僚體系、牢籠人心、爭取認同的功能，尤其是在政權遞嬗或分立競爭或招徠遠人的時刻。
順治十八年（1661）年鄭氏延平王國入台，康熙四年（1665）就開科取士。
康熙二十二年（1683）施琅平台，次年去留爭議甫定，設台灣府，諸羅、鳳山、台灣三縣，即以設學校開科考為「海天第一要務」。當時台灣人口十餘萬不及內地一個小縣，為了爭取台灣精英的認同，二十五（1686）題准的學額卻是一府（二十名）和三個中縣（各十二名），總計五十六個名額。遲至清末光緒十三（1887）台灣建省，三府十一縣五廳人口二百五十餘萬總學額才155名。前後比較，開闢之初學額之優遇，由此可見。
為了爭取科名，大陸各地窄鄉（學風鼎盛、人口多的州縣）的生童，原本就有向寬鄉（學風稀鬆、人口少的州縣）冒籍、寄籍甚至冒姓名應考的風氣。閩南學風極盛，頂冒之風尤烈。台灣新增的學額不僅鼓舞了台灣讀書人的士氣，也成為吸引大陸精英東渡的誘餌。
大陸精英東渡，面對台灣沃野千里卻乏人墾殖的現象，遂以大陸的資金、人力、才能投入台灣的開發事業，決定了台灣經濟朝向農業資本主義發展，台灣的社會迅速儒漢化。移入區（台灣）與移出區（大陸）的關係極其密切以及邊陲（台灣）認同於中央（福建－北京）等特徵，科舉制度在大家所熟知的政治、社會功能之外，由於台灣的特殊性，它還產生了經濟的功能。
雖說學額比內地優遇許多，但是，台灣終究是新闢之區，農、商之利易得，十年寒窗苦，考得上秀才的也不過百分之二三。因此，台灣的地方官不但不防杜偽冒 頂替，反而鼓勵大陸學子到台灣來「為土著之切磋可也」。縱使如此，來的也是大陸各地落第考生。所謂「台灣蟳無膏」便是嘲笑台灣讀書人肚子裡缺乏貨色的俗諺。由於兩岸條件懸殊，康熙二十六年（1687） 台灣生員到福州應考舉人的第一科，政府便加設台字號舉人保障名額一人，鼓勵台灣秀才到福州應考，四科之後因為赴考踴躍才取消保障名額。
雍正元年（1722）因為湖廣省南邊的赴考生乘坐的官船在洞庭湖翻覆，政府將湖廣省分為湖北、湖南兩個闈場，隨之又分為兩省。相形之下，台灣海峽更為危險，雍正七年（1729）恢復台字號保障名額，十三年再增一名，遂以每科兩名舉人為常。
總計自康熙廿六年至光緒二十年，（1687-1894）八十四科，取中台灣舉人二百五十一人，其中約有半數不在保障名額之內。乾隆二十五年至三十五年間（1760-1770）張士箱子孫六人中舉，是科名最盛的家族。
台灣的舉人不多，進京趕考更加險遠。乾隆四年（1739）朝廷決議，台灣舉人若進京會試達十名以上，即取中一名。直到道光三年（1823）癸未科進京會試的舉人才達到十一名，於是特設台字號，新竹鄭用錫首先以保障名額取得進士。其間王克捷（乾隆二十二年、諸羅縣人）、莊文進（乾隆卅一年、鳳山縣人）兩人是不受保障取中的進士。道光三年之後到光緒二十年（1823-1894）台灣取中二十七個進士。除了王克捷是開台進士、莊文進是開鳳進士、鄭用錫是開淡進士之外，尚有開蘭進士楊士芳、開澎進士蔡廷蘭、開彰進士蔡鴻章。台南施瓊芳（道光二十五年）、施士洁（光緒五年）是台灣僅有的父子進士。光緒年間進京考進士的每科達二十餘人。
一府三縣定為五十五個名額之後，新設的行政區學額就在其中勻支，直到嘉慶廿三年（1818）才增加淡水廳學六名，同治十一年（1872）再增淡水廳額兩名、噶瑪蘭廳五名，全台學額六十八名，此時，台灣人口已經從設學額時的十萬，嘉慶十六年（1811）達到二百萬，同治十一年約為二百二十五萬人了。在學額相對萎縮以及遷台既久，逐漸定著化的情況下，台灣的讀書人為了維護己身權益而產生在籍貫上的排他意識，同時滋生出「本土意識」，才有所謂「開台」「台淡」「開蘭」「開澎」進士的出現。何炳棣在《中國會館史論》中認為「我國制度之中，對籍貫觀念形成影響最大的莫如科舉」，十九世紀台灣的狀況正是此語的一個註腳。
▲乾隆二十八年胡火卓猷捐獻八十一甲水田和宅第做為明志書志的院址、經費。這是在明志書院遺址上，後人重修的宅第《尹章義蒐藏》
除了府州縣儒學之外，清代台灣還有廿七所書院，最早的是現今台南市的崇文、海東兩書院（康熙四十三、五十九年設）、高雄的屏山書院（康熙四十 九年），彰化市的白沙書院（乾隆十年）、台北新莊的明志書院（乾隆二十七年）和宜蘭的仰山書院（嘉慶十七年）。此外，各地都設有義墊、私墊；原住民設社學和育才學租（學田），清末埔里有社學七十九所、卑南有四十四所，漢化較深的岸裡社還自設文英書院，各地都有「番仔秀才」，台北雷厘社的潘陳宗道光年間考上秀才，子孫也是秀才，時稱「一門三秀士」。
台灣地處海外，圖書蒐羅不易、出版亦難，客觀環境不利於私家著述，因而少學者型知識分子。明末沈光文（斯厂）人稱台灣文獻初祖，近人集錄成《沈文開詩 文集》，道光、同治年間淡水吳子光（今苗栗縣銅鑼鄉雙峰村人）頗有著述之才，近年台北市文獻會覓得抄本刊行《吳子光全書》；竹塹材占梅（新竹市人）幸有《潛園琴餘草》、《潛園唱和集》；林豪（同安人、居台數十年）預修《淡水廳志》，又撰《澎湖廳志》、《東瀛記事》、《誦清堂詩集》以及《淡水廳志訂謬》，頗富糾彈精神。滄桑之際新竹人王松著《滄海遺民謄稿》、《友竹行窩遺稿》及《台揚詩話》等，詩話是詩史、詩評和台詩紀事的彙總，相當可觀。以上各書堪人著作之林，其他作者、作品則不贅舉。
▲三鉅冊的《吳子光全書》《尹章義蒐藏》
新闢之區，在行政、治道上必須有所依循，「地方志」遂成為地方官汲汲經營的對象，官修地方志因緣際會終於形成獨特的學術傳統。
地方志可上溯晉乘、魯春秋，相對於周史，都是地方志。宋元以來「郡邑莫不有志」，總數超過一萬種，「方志乃國史要刪」，多半模仿《史記》《漢書》紀、傳、表、志的體例，內容幾乎是天文、地理、禮俗、藝文、選舉、賦稅無所不包，而形成「百科全書體」。既然是一地的百科全書，自然成為新任地方官瞭解當地的主要訊息來源和施政的張本。
▲《吳子光全書》之一自題（經餘雜錄）《尹章義蒐藏》
康熙二十四年（1685）首任知府蔣毓英即與諸羅首任知縣季騏光等創修《台灣府志》，康熙三十五年、四十九年兩度重修，康熙五十六年（1717），諸羅、鳳山、台灣三縣又全面修志，直到光緒二十年（1894），其間兩百零九年，省通志、稿本、采訪冊不計，成志者達十八種之多（參見表五）。綜觀兩百年修志成果，除了數量多之外，還有以下特色：
一、修志態度認真：梁啟超曾經批評吾國方志「大半成於俗史之手，奉行故事、位置冗員、鈔撮陳案、敷衍成書」。台灣則重視實用，是典型的經世致用之學；修志時認真、負責，不僅重視文獻之收集，更重視實際採訪、踏勘，寫作更是再三考訂，期待能「信今而傳後」，因此二稿、三稿，再三修訂習以為常。
▲最早的《台灣府志》修於1685年《尹章義蒐藏》
二、精選修志人才：既沒有前志可資抄襲又要實用，就必須挑選修志專家和本土優秀人才參預修志。譬如說高拱乾、陳夢林、魯鼎梅、王必昌、范咸、王珍、李元春、周于仁、蔣師轍等人，在大陸就是修志專家；參預修志的台灣精英陳逸、陳文達、金繼美、洪成度、林中柱、李欽文、陳慧、王璋、陳輝、潘振甲、洪禧、陳震曜、林豪等人，都參與兩、三種以上，陳文達還主撰《台灣縣志》、陳慧主撰《鳳山縣志》、陳震曜也主撰《彰化縣志》。
三、方法嚴謹、勤於考校：奠定台灣方志傳統規模的是以「方志模範」著稱的《諸羅縣志》。諸志由漳浦陳夢林主撰，凡十二志、四十七目，卷首山川圖十一幅、番俗圖十幅。以封域志山川目及山川圖為例，作者「附記」云：「茲卷或躬親遊歷、或遣使繪圖，三復考訂乃登記載，假設千秋百世陵谷依然，雖未敢謂毫髮無爽，亦庶幾得其大概」。諸志在地理學上的價值，頗受現代地理學家推崇。陳夢林不 止是自信自負的學者，也是有真才實學的學者。諸志勤於踏察、採訪，更勤於徵文考獻，行文取精用宏，每有引述或折衷辯析，一定說明訊息來源，達到 「無一字無來歷」的水平。每篇篇首都有一小則提要說明全篇宗旨，全志之中「論曰」、「附記」、「按語」與正文釐然劃分，敘述與議論並稱但絕不混淆。更利用「別見」、「附見」、「詳見」等互見分合之法，綱舉目張、有條不紊，減少重覆敘述也產生導引閱讀的功能。縱使以現代最嚴謹的規範檢視，諸志也符合嚴謹的學術體材。
▲現代方志繼承了三百年來的文化傳統《尹章義蒐藏》
禮聘陳夢林修志的話羅知縣周鍾瑄認為「其書如醫者用藥」，「紀其事者品味也，建議者其方也」，「皆確然可自於心而其信於人」。不僅是信史，也大大有助於治通，使《諸羅縣志》成為真正的「經世致用」之學。
《諸羅縣志》的修志方法和品味，不僅影響了同時撰修的《鳳山縣志》和《台灣縣志》，也規範了此後的台灣地方志。光緒二十年（1894）唐景崧在《澎湖廳志》序言中說：「台灣志存者，莫先於諸羅也莫善於諸羅，府志淑自諸羅志，今澎湖志淑自府志，體例相嬗也」。
台灣的地方志自康熙末年的《諸羅縣志》開始就形成「百科全書型」優良的學術傳統，為日治時代以及近現代的台灣研究，奠定堅實的基礎，可以說是台灣發展史上最足以稱道的文化盛事。台灣建省之後再掀修志熱潮，若干方志割台之後才完成，日治時代方志傳統如絲如縷，光復之後成立文獻委員會全面進行修志工作，近年鄉鎮修志更蔚然成風，總計修成志書180種以上。未必每種志書都極其精審，但亦不失為龐大的文化資產。
表五：:清修方志表
1.台灣府志10卷
蔣毓英、季騏光纂修
康熙24年稿本，又加刻本年代不詳
2.台灣府志11卷
靳治揚主修、高拱乾纂輯
康熙35年序刊本
3.增修台灣府11卷
宋永清、周元文纂修
康熙57年刊本
4.重修裙建台灣府志21卷
劉良璧、錢沫、范昌治纂修
乾隆7年刊本
5.重修台灣府志25卷
六十七、范咸纂修
乾隆12年刊本
6.續修台灣府志27卷
余文儀纂修
乾隆29年刊本
7.諸羅縣志12卷
陳夢林纂修
雍正2年刊本
8.台灣縣志10卷
陳文達纂修
康熙59年刊本
9.重修台灣縣志15卷
王必昌纂修
乾隆17年刊本
10.續修台灣縣志8卷
鄭兼才增補、薛錫熊再補
道光30年補刻本
11.鳳山縣志10卷
陳文達纂修
康熙59年刊本
12.重修鳳山縣志12卷
王瑛曾纂修
乾隆29年刊本
13.淡水廳志16卷
陳培桂主修、楊浚纂輯
同治10年刊本
附淡水廳志訂謬1卷
林豪撰
同治12年刊本
14.彰化縣志12卷
周璽纂修
同治12年刊本
15.澎湖廳志15卷
林豪纂修、薛紹元刪定
光緒19年刊本
16.噶瑪蘭廳志8卷
陳淑均纂修、李祺生續輯
咸豐2年刊本
17.恆春縣志24卷
屠繼善纂修
光緒20年修，修志廬精寫晒藍本
18.苗栗縣志16卷
沈茂蔭纂修
光緒19年修
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